Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCDHA1Q9Y5I3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCDHA1Q9Y5I3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCDHA1Q9Y5I3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms