Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
BRF1Q92994 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
BRF1Q92994 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
BRF1Q92994 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms