Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC29.2■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 425.4 ms