Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC29.32■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.28
BRPF3Q9ULD4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC29.2■■■□□ 2.27
BRPF3Q9ULD4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms