Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM40Q6P9F5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM40Q6P9F5 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms