Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A3Q14050 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A3Q14050 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL9A3Q14050 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
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