Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LHX3Q9UBR4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LHX3Q9UBR4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
LHX3Q9UBR4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms