Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A3Q14050 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL9A3Q14050 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL9A3Q14050 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
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