Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC28BQ9BUN5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC28BQ9BUN5 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC28BQ9BUN5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC28BQ9BUN5 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC28BQ9BUN5 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms