Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VMP1Q96GC9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VMP1Q96GC9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VMP1Q96GC9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms