Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SKA3Q8IX90 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115.1 ms