Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC30.22■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC30.21■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
RHBDL3P58872 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC30.14■■■□□ 2.42
RHBDL3P58872 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC30.1■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
RHBDL3P58872 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
RHBDL3P58872 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC30■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
RHBDL3P58872 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms