Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFX3P48380 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFX3P48380 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFX3P48380 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFX3P48380 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFX3P48380 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFX3P48380 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RFX3P48380 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RFX3P48380 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RFX3P48380 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFX3P48380 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFX3P48380 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFX3P48380 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFX3P48380 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFX3P48380 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RFX3P48380 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RFX3P48380 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RFX3P48380 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RFX3P48380 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RFX3P48380 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RFX3P48380 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RFX3P48380 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RFX3P48380 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFX3P48380 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFX3P48380 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFX3P48380 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFX3P48380 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RFX3P48380 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RFX3P48380 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RFX3P48380 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
RFX3P48380 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFX3P48380 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFX3P48380 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFX3P48380 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFX3P48380 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFX3P48380 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RFX3P48380 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RFX3P48380 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
RFX3P48380 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
RFX3P48380 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RFX3P48380 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RFX3P48380 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RFX3P48380 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RFX3P48380 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFX3P48380 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFX3P48380 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFX3P48380 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFX3P48380 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFX3P48380 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFX3P48380 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFX3P48380 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFX3P48380 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFX3P48380 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFX3P48380 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFX3P48380 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFX3P48380 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFX3P48380 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFX3P48380 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFX3P48380 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFX3P48380 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFX3P48380 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFX3P48380 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFX3P48380 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFX3P48380 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFX3P48380 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
RFX3P48380 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RFX3P48380 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RFX3P48380 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RFX3P48380 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFX3P48380 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
RFX3P48380 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFX3P48380 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFX3P48380 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFX3P48380 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFX3P48380 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFX3P48380 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFX3P48380 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFX3P48380 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFX3P48380 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFX3P48380 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms