Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSH3P20585 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSH3P20585 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSH3P20585 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH3P20585 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH3P20585 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH3P20585 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH3P20585 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH3P20585 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH3P20585 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH3P20585 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH3P20585 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH3P20585 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH3P20585 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH3P20585 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH3P20585 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH3P20585 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
MSH3P20585 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25■■□□□ 1.59
MSH3P20585 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
MSH3P20585 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
MSH3P20585 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
MSH3P20585 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH3P20585 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH3P20585 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH3P20585 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH3P20585 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH3P20585 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH3P20585 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH3P20585 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSH3P20585 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSH3P20585 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
MSH3P20585 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH3P20585 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH3P20585 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH3P20585 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH3P20585 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH3P20585 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH3P20585 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH3P20585 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH3P20585 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH3P20585 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH3P20585 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH3P20585 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH3P20585 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSH3P20585 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSH3P20585 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSH3P20585 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH3P20585 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH3P20585 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH3P20585 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH3P20585 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH3P20585 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH3P20585 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSH3P20585 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSH3P20585 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
MSH3P20585 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSH3P20585 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSH3P20585 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH3P20585 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH3P20585 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH3P20585 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH3P20585 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH3P20585 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSH3P20585 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSH3P20585 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSH3P20585 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSH3P20585 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
MSH3P20585 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH3P20585 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH3P20585 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH3P20585 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH3P20585 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH3P20585 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH3P20585 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH3P20585 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH3P20585 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH3P20585 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH3P20585 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH3P20585 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH3P20585 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH3P20585 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH3P20585 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.8 ms