RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-240ENST00000631023 ARAP1Q96P48 1450 aa34.67■■■■□ 3.14
CLN3-240ENST00000631023 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa34.67■■■■□ 3.14
CLN3-240ENST00000631023 JPH4Q96JJ6 628 aa34.66■■■■□ 3.14
CLN3-240ENST00000631023 EEA1Q15075 1411 aa34.64■■■■□ 3.14
CLN3-240ENST00000631023 CSRNP3Q8WYN3 585 aa34.58■■■■□ 3.13
CLN3-240ENST00000631023 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP34.56■■■■□ 3.12
CLN3-240ENST00000631023 ERCC6L2Q5T890 1561 aa34.56■■■■□ 3.12
CLN3-240ENST00000631023 PRXQ9BXM0 1461 aa34.55■■■■□ 3.12
CLN3-240ENST00000631023 IQGAP2Q13576 1575 aa34.48■■■■□ 3.11
CLN3-240ENST00000631023 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP34.46■■■■□ 3.11
CLN3-240ENST00000631023 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa34.43■■■■□ 3.1
CLN3-240ENST00000631023 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa34.33■■■■□ 3.09
CLN3-240ENST00000631023 UGGT2Q9NYU1 1516 aa34.28■■■■□ 3.08
CLN3-240ENST00000631023 KIF21BO75037 1637 aa34.25■■■■□ 3.07
CLN3-240ENST00000631023 DISP1Q96F81 1524 aa34.19■■■■□ 3.06
CLN3-240ENST00000631023 TNIKQ9UKE5 1360 aa34.18■■■■□ 3.06
CLN3-240ENST00000631023 PTPRGP23470 1445 aa34.17■■■■□ 3.06
CLN3-240ENST00000631023 GOLGA3Q08378 1498 aa34.14■■■■□ 3.06
CLN3-240ENST00000631023 KIAA0556O60303 1618 aa34.13■■■■□ 3.05
CLN3-240ENST00000631023 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP34.11■■■■□ 3.05
CLN3-240ENST00000631023 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP34.02■■■■□ 3.04
CLN3-240ENST00000631023 ADCY10Q96PN6 1610 aa34.02■■■■□ 3.04
CLN3-240ENST00000631023 UBTFP17480 764 aaKnown RBP34.02■■■■□ 3.04
CLN3-240ENST00000631023 TRHP20396 242 aaPredicted RBP34■■■■□ 3.03
CLN3-240ENST00000631023 EHMT2Q96KQ7 1210 aa34■■■■□ 3.03
CLN3-240ENST00000631023 UACAQ9BZF9 1416 aa33.93■■■■□ 3.02
CLN3-240ENST00000631023 SAMD9Q5K651 1589 aa33.91■■■■□ 3.02
CLN3-240ENST00000631023 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP33.9■■■■□ 3.02
CLN3-240ENST00000631023 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa33.9■■■■□ 3.02
CLN3-240ENST00000631023 P3H3Q8IVL6 736 aa33.89■■■■□ 3.02
CLN3-240ENST00000631023 ABCC2Q92887 1545 aa33.85■■■■□ 3.01
CLN3-240ENST00000631023 MAPKBP1O60336 1514 aa33.81■■■■□ 3
CLN3-240ENST00000631023 EFCAB5A4FU69 1503 aa33.8■■■■□ 3
CLN3-240ENST00000631023 PLB1Q6P1J6 1458 aa33.78■■■■□ 3
CLN3-240ENST00000631023 ABCA8O94911 1581 aa33.76■■■□□ 2.99
CLN3-240ENST00000631023 KDM5BQ9UGL1 1544 aa33.73■■■□□ 2.99
CLN3-240ENST00000631023 FHOD3Q2V2M9 1422 aa33.69■■■□□ 2.98
CLN3-240ENST00000631023 KIF13AQ9H1H9 1805 aa33.69■■■□□ 2.98
CLN3-240ENST00000631023 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP33.68■■■□□ 2.98
CLN3-240ENST00000631023 ABCC10Q5T3U5 1492 aa33.64■■■□□ 2.98
CLN3-240ENST00000631023 ASXL2Q76L83 1435 aa33.62■■■□□ 2.97
CLN3-240ENST00000631023 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa33.62■■■□□ 2.97
CLN3-240ENST00000631023 FAM69CQ0P6D2 419 aa33.6■■■□□ 2.97
CLN3-240ENST00000631023 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa33.6■■■□□ 2.97
CLN3-240ENST00000631023 DIP2BQ9P265 1576 aa33.59■■■□□ 2.97
CLN3-240ENST00000631023 FMN1Q68DA7 1419 aa33.51■■■□□ 2.95
CLN3-240ENST00000631023 ATP10BO94823 1461 aa33.48■■■□□ 2.95
CLN3-240ENST00000631023 ARID3CA6NKF2 412 aa33.48■■■□□ 2.95
CLN3-240ENST00000631023 WDR7Q9Y4E6 1490 aa33.46■■■□□ 2.95
CLN3-240ENST00000631023 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP33.45■■■□□ 2.95
CLN3-240ENST00000631023 GLI2P10070 1586 aa33.43■■■□□ 2.94
CLN3-240ENST00000631023 CLIP1P30622 1438 aa33.43■■■□□ 2.94
CLN3-240ENST00000631023 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP33.43■■■□□ 2.94
CLN3-240ENST00000631023 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP33.43■■■□□ 2.94
CLN3-240ENST00000631023 TSPOAP1O95153 1857 aa33.42■■■□□ 2.94
CLN3-240ENST00000631023 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP33.41■■■□□ 2.94
CLN3-240ENST00000631023 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa33.37■■■□□ 2.93
CLN3-240ENST00000631023 KCNH8Q96L42 1107 aa33.34■■■□□ 2.93
CLN3-240ENST00000631023 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP33.34■■■□□ 2.93
CLN3-240ENST00000631023 HECW1Q76N89 1606 aa33.33■■■□□ 2.93
CLN3-240ENST00000631023 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa33.29■■■□□ 2.92
CLN3-240ENST00000631023 CEP162Q5TB80 1403 aa33.27■■■□□ 2.92
CLN3-240ENST00000631023 PLEKHD1A6NEE1 506 aa33.27■■■□□ 2.92
CLN3-240ENST00000631023 CFAP43Q8NDM7 1665 aa33.23■■■□□ 2.91
CLN3-240ENST00000631023 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa33.22■■■□□ 2.91
CLN3-240ENST00000631023 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP33.21■■■□□ 2.91
CLN3-240ENST00000631023 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP33.2■■■□□ 2.91
CLN3-240ENST00000631023 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP33.19■■■□□ 2.9
CLN3-240ENST00000631023 CD109Q6YHK3 1445 aa33.17■■■□□ 2.9
CLN3-240ENST00000631023 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP33.17■■■□□ 2.9
CLN3-240ENST00000631023 TEX14Q8IWB6 1497 aa33.15■■■□□ 2.9
CLN3-240ENST00000631023 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa33.15■■■□□ 2.9
CLN3-240ENST00000631023 FYCO1Q9BQS8 1478 aa33.14■■■□□ 2.9
CLN3-240ENST00000631023 ABCA9Q8IUA7 1624 aa33.13■■■□□ 2.89
CLN3-240ENST00000631023 CCDC18Q5T9S5 1454 aa33.11■■■□□ 2.89
CLN3-240ENST00000631023 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa33.09■■■□□ 2.89
CLN3-240ENST00000631023 KDM6BO15054 1643 aa33.09■■■□□ 2.89
CLN3-240ENST00000631023 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP32.98■■■□□ 2.87
CLN3-240ENST00000631023 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP32.97■■■□□ 2.87
CLN3-240ENST00000631023 KIF14Q15058 1648 aa32.93■■■□□ 2.86
CLN3-240ENST00000631023 TTC37Q6PGP7 1564 aa32.92■■■□□ 2.86
CLN3-240ENST00000631023 PHLDB1Q86UU1 1377 aa32.89■■■□□ 2.86
CLN3-240ENST00000631023 VPS8Q8N3P4 1428 aa32.88■■■□□ 2.85
CLN3-240ENST00000631023 NEO1Q92859 1461 aa32.86■■■□□ 2.85
CLN3-240ENST00000631023 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP32.85■■■□□ 2.85
CLN3-240ENST00000631023 MYO5CQ9NQX4 1742 aa32.85■■■□□ 2.85
CLN3-240ENST00000631023 CFAP74Q9C0B2 1584 aa32.82■■■□□ 2.84
CLN3-240ENST00000631023 ARAP3Q8WWN8 1544 aa32.81■■■□□ 2.84
CLN3-240ENST00000631023 PLCH2O75038 1416 aa32.8■■■□□ 2.84
CLN3-240ENST00000631023 FANCAO15360 1455 aa32.79■■■□□ 2.84
CLN3-240ENST00000631023 MTUS2Q5JR59 1369 aa32.78■■■□□ 2.84
CLN3-240ENST00000631023 AKNAQ7Z591 1439 aa32.73■■■□□ 2.83
CLN3-240ENST00000631023 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa32.72■■■□□ 2.83
CLN3-240ENST00000631023 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa32.68■■■□□ 2.82
CLN3-240ENST00000631023 TIAM1Q13009 1591 aa32.68■■■□□ 2.82
CLN3-240ENST00000631023 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa32.68■■■□□ 2.82
CLN3-240ENST00000631023 ARHGAP5Q13017 1502 aa32.67■■■□□ 2.82
CLN3-240ENST00000631023 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa32.66■■■□□ 2.82
CLN3-240ENST00000631023 PREX2Q70Z35 1606 aa32.65■■■□□ 2.82
CLN3-240ENST00000631023 RAPGEF3O95398 923 aa32.64■■■□□ 2.82
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