RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-240ENST00000631023 NISCHQ9Y2I1 1504 aa50.08■■■■■ 5.61
CLN3-240ENST00000631023 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa44.55■■■■■ 4.72
CLN3-240ENST00000631023 ABCC9O60706 1549 aa43.49■■■■■ 4.55
CLN3-240ENST00000631023 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa41.91■■■■■ 4.3
CLN3-240ENST00000631023 DCAF8L2P0C7V8 631 aa41.89■■■■■ 4.3
CLN3-240ENST00000631023 NACADO15069 1562 aa41.87■■■■■ 4.29
CLN3-240ENST00000631023 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP41.69■■■■■ 4.26
CLN3-240ENST00000631023 MYO15BQ96JP2 1530 aa41.62■■■■■ 4.25
CLN3-240ENST00000631023 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa41.45■■■■■ 4.23
CLN3-240ENST00000631023 UNC13AQ9UPW8 1703 aa40.99■■■■■ 4.15
CLN3-240ENST00000631023 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP40.65■■■■■ 4.1
CLN3-240ENST00000631023 SCRIBQ14160 1630 aa40.61■■■■■ 4.09
CLN3-240ENST00000631023 BICRAQ9NZM4 1560 aa40.57■■■■■ 4.09
CLN3-240ENST00000631023 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa40.19■■■■■ 4.02
CLN3-240ENST00000631023 DNAJC5BQ9UF47 199 aa39.84■■■■□ 3.97
CLN3-240ENST00000631023 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP39.52■■■■□ 3.92
CLN3-240ENST00000631023 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa39.37■■■■□ 3.89
CLN3-240ENST00000631023 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.09■■■■□ 3.85
CLN3-240ENST00000631023 SMARCA4P51532 1647 aa38.86■■■■□ 3.81
CLN3-240ENST00000631023 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP38.83■■■■□ 3.81
CLN3-240ENST00000631023 SMARCA2P51531 1590 aa38.63■■■■□ 3.77
CLN3-240ENST00000631023 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.61■■■■□ 3.77
CLN3-240ENST00000631023 NCAPD3P42695 1498 aa38.6■■■■□ 3.77
CLN3-240ENST00000631023 MROH2BQ7Z745 1585 aa38.57■■■■□ 3.77
CLN3-240ENST00000631023 PEG3Q9GZU2 1588 aa38.47■■■■□ 3.75
CLN3-240ENST00000631023 HMGXB3Q12766 1538 aa38.42■■■■□ 3.74
CLN3-240ENST00000631023 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP38.33■■■■□ 3.73
CLN3-240ENST00000631023 WIZO95785 1651 aa38.2■■■■□ 3.71
CLN3-240ENST00000631023 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP38.15■■■■□ 3.7
CLN3-240ENST00000631023 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP37.77■■■■□ 3.64
CLN3-240ENST00000631023 NESP48681 1621 aa37.63■■■■□ 3.61
CLN3-240ENST00000631023 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa37.61■■■■□ 3.61
CLN3-240ENST00000631023 ERCC6Q03468 1493 aa37.54■■■■□ 3.6
CLN3-240ENST00000631023 CADPSQ9ULU8 1353 aa37.49■■■■□ 3.59
CLN3-240ENST00000631023 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.36■■■■□ 3.57
CLN3-240ENST00000631023 CCDC88BA6NC98 1476 aa37.33■■■■□ 3.57
CLN3-240ENST00000631023 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP37.28■■■■□ 3.56
CLN3-240ENST00000631023 CFTRP13569 1480 aa37.26■■■■□ 3.56
CLN3-240ENST00000631023 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.25■■■■□ 3.55
CLN3-240ENST00000631023 CUX2O14529 1486 aa37.1■■■■□ 3.53
CLN3-240ENST00000631023 PRDM2Q13029 1718 aa37.09■■■■□ 3.53
CLN3-240ENST00000631023 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.06■■■■□ 3.52
CLN3-240ENST00000631023 FANCD2Q9BXW9 1451 aa37.05■■■■□ 3.52
CLN3-240ENST00000631023 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.02■■■■□ 3.52
CLN3-240ENST00000631023 MRC2Q9UBG0 1479 aa36.93■■■■□ 3.5
CLN3-240ENST00000631023 WDR62O43379 1518 aa36.81■■■■□ 3.48
CLN3-240ENST00000631023 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP36.65■■■■□ 3.46
CLN3-240ENST00000631023 ABCC8Q09428 1581 aa36.53■■■■□ 3.44
CLN3-240ENST00000631023 TOPBP1Q92547 1522 aa36.46■■■■□ 3.43
CLN3-240ENST00000631023 DNMBPQ6XZF7 1577 aa36.44■■■■□ 3.42
CLN3-240ENST00000631023 IFT140Q96RY7 1462 aa36.23■■■■□ 3.39
CLN3-240ENST00000631023 CUX1P39880 1505 aa36.19■■■■□ 3.38
CLN3-240ENST00000631023 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.14■■■■□ 3.38
CLN3-240ENST00000631023 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.07■■■■□ 3.36
CLN3-240ENST00000631023 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP36.06■■■■□ 3.36
CLN3-240ENST00000631023 SOGA1O94964 1423 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-240ENST00000631023 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.03■■■■□ 3.36
CLN3-240ENST00000631023 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36■■■■□ 3.35
CLN3-240ENST00000631023 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.98■■■■□ 3.35
CLN3-240ENST00000631023 TOP2BQ02880 1626 aa35.92■■■■□ 3.34
CLN3-240ENST00000631023 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.92■■■■□ 3.34
CLN3-240ENST00000631023 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP35.91■■■■□ 3.34
CLN3-240ENST00000631023 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa35.91■■■■□ 3.34
CLN3-240ENST00000631023 SYNJ1O43426 1573 aa35.88■■■■□ 3.33
CLN3-240ENST00000631023 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP35.85■■■■□ 3.336e-6■■■■□ 25.1
CLN3-240ENST00000631023 WDR97A6NE52 1622 aa35.82■■■■□ 3.33
CLN3-240ENST00000631023 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP35.8■■■■□ 3.32
CLN3-240ENST00000631023 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa35.74■■■■□ 3.31
CLN3-240ENST00000631023 OSCARQ8IYS5 282 aa35.62■■■■□ 3.29
CLN3-240ENST00000631023 GAPVD1Q14C86 1478 aa35.62■■■■□ 3.29
CLN3-240ENST00000631023 GRIN2BQ13224 1484 aa35.6■■■■□ 3.29
CLN3-240ENST00000631023 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.58■■■■□ 3.29
CLN3-240ENST00000631023 PBRM1Q86U86 1689 aa35.57■■■■□ 3.28
CLN3-240ENST00000631023 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.51■■■■□ 3.28
CLN3-240ENST00000631023 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP35.51■■■■□ 3.28
CLN3-240ENST00000631023 CHD1O14646 1710 aa35.51■■■■□ 3.27
CLN3-240ENST00000631023 FBLN2P98095 1184 aa35.48■■■■□ 3.27
CLN3-240ENST00000631023 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP35.39■■■■□ 3.26
CLN3-240ENST00000631023 SYNJ2O15056 1496 aa35.36■■■■□ 3.25
CLN3-240ENST00000631023 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.33■■■■□ 3.25
CLN3-240ENST00000631023 KIF27Q86VH2 1401 aa35.27■■■■□ 3.24
CLN3-240ENST00000631023 TRIM41Q8WV44 630 aa35.24■■■■□ 3.23
CLN3-240ENST00000631023 ADAMTS12P58397 1594 aa35.23■■■■□ 3.23
CLN3-240ENST00000631023 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.2■■■■□ 3.23
CLN3-240ENST00000631023 GRIN2AQ12879 1464 aa35.12■■■■□ 3.21
CLN3-240ENST00000631023 IGF1RP08069 1367 aa35.09■■■■□ 3.21
CLN3-240ENST00000631023 CLASP1Q7Z460 1538 aa35.05■■■■□ 3.2
CLN3-240ENST00000631023 CUL7Q14999 1698 aa35.04■■■■□ 3.2
CLN3-240ENST00000631023 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa34.99■■■■□ 3.19
CLN3-240ENST00000631023 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa34.99■■■■□ 3.19
CLN3-240ENST00000631023 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa34.99■■■■□ 3.19
CLN3-240ENST00000631023 ARHGEF11O15085 1522 aa34.97■■■■□ 3.19
CLN3-240ENST00000631023 NUP160Q12769 1436 aa34.96■■■■□ 3.19
CLN3-240ENST00000631023 CEP170Q5SW79 1584 aa34.94■■■■□ 3.18
CLN3-240ENST00000631023 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa34.91■■■■□ 3.18
CLN3-240ENST00000631023 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.9■■■■□ 3.18
CLN3-240ENST00000631023 CHIC1Q5VXU3 224 aa34.79■■■■□ 3.16
CLN3-240ENST00000631023 SHROOM2Q13796 1616 aa34.71■■■■□ 3.15
CLN3-240ENST00000631023 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa34.7■■■■□ 3.15
CLN3-240ENST00000631023 CYB5RLQ6IPT4 315 aa34.7■■■■□ 3.14
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