RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000618056.4

PMS1-220, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 1,468 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-220	ENST00000618056	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		42.19	■■■■■ 4.34
PMS1-220	ENST00000618056	JPH4	Q96JJ6	628 aa		42.16	■■■■■ 4.34
PMS1-220	ENST00000618056	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	42.1	■■■■■ 4.33
PMS1-220	ENST00000618056	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		42.1	■■■■■ 4.33
PMS1-220	ENST00000618056	IQGAP2	Q13576	1575 aa		41.94	■■■■■ 4.3
PMS1-220	ENST00000618056	PRX	Q9BXM0	1461 aa		41.93	■■■■■ 4.3
PMS1-220	ENST00000618056	EEA1	Q15075	1411 aa		41.87	■■■■■ 4.29
PMS1-220	ENST00000618056	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		41.85	■■■■■ 4.29
PMS1-220	ENST00000618056	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		41.8	■■■■■ 4.28
PMS1-220	ENST00000618056	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		41.79	■■■■■ 4.28
PMS1-220	ENST00000618056	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		41.73	■■■■■ 4.27
PMS1-220	ENST00000618056	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		41.71	■■■■■ 4.27
PMS1-220	ENST00000618056	DISP1	Q96F81	1524 aa		41.64	■■■■■ 4.26
PMS1-220	ENST00000618056	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		41.6	■■■■■ 4.25
PMS1-220	ENST00000618056	PTPRG	P23470	1445 aa		41.57	■■■■■ 4.25
PMS1-220	ENST00000618056	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	41.57	■■■■■ 4.25
PMS1-220	ENST00000618056	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		41.56	■■■■■ 4.24
PMS1-220	ENST00000618056	KIAA0556	O60303	1618 aa		41.54	■■■■■ 4.24
PMS1-220	ENST00000618056	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	41.51	■■■■■ 4.24
PMS1-220	ENST00000618056	KIF21B	O75037	1637 aa		41.47	■■■■■ 4.23
PMS1-220	ENST00000618056	GOLGA3	Q08378	1498 aa		41.45	■■■■■ 4.23
PMS1-220	ENST00000618056	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	41.37	■■■■■ 4.21
PMS1-220	ENST00000618056	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	41.36	■■■■■ 4.21
PMS1-220	ENST00000618056	MAPKBP1	O60336	1514 aa		41.35	■■■■■ 4.21
PMS1-220	ENST00000618056	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		41.33	■■■■■ 4.21
PMS1-220	ENST00000618056	UACA	Q9BZF9	1416 aa		41.31	■■■■■ 4.2
PMS1-220	ENST00000618056	ABCC2	Q92887	1545 aa		41.27	■■■■■ 4.2
PMS1-220	ENST00000618056	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		41.25	■■■■■ 4.19
PMS1-220	ENST00000618056	SAMD9	Q5K651	1589 aa		41.22	■■■■■ 4.19
PMS1-220	ENST00000618056	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		41.15	■■■■■ 4.18
PMS1-220	ENST00000618056	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		41.12	■■■■■ 4.17
PMS1-220	ENST00000618056	ABCA8	O94911	1581 aa		41.1	■■■■■ 4.17
PMS1-220	ENST00000618056	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		41.1	■■■■■ 4.17
PMS1-220	ENST00000618056	DIP2B	Q9P265	1576 aa		41.09	■■■■■ 4.17
PMS1-220	ENST00000618056	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	41.04	■■■■■ 4.16
PMS1-220	ENST00000618056	P3H3	Q8IVL6	736 aa		41.03	■■■■■ 4.16
PMS1-220	ENST00000618056	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		41	■■■■■ 4.15
PMS1-220	ENST00000618056	ASXL2	Q76L83	1435 aa		41	■■■■■ 4.15
PMS1-220	ENST00000618056	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		40.99	■■■■■ 4.15
PMS1-220	ENST00000618056	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	40.99	■■■■■ 4.15
PMS1-220	ENST00000618056	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		40.94	■■■■■ 4.14
PMS1-220	ENST00000618056	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	40.93	■■■■■ 4.14
PMS1-220	ENST00000618056	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		40.88	■■■■■ 4.14
PMS1-220	ENST00000618056	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		40.86	■■■■■ 4.13
PMS1-220	ENST00000618056	GLI2	P10070	1586 aa		40.85	■■■■■ 4.13
PMS1-220	ENST00000618056	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	40.78	■■■■■ 4.12
PMS1-220	ENST00000618056	TSPOAP1	O95153	1857 aa		40.78	■■■■■ 4.12
PMS1-220	ENST00000618056	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		40.77	■■■■■ 4.12
PMS1-220	ENST00000618056	ATP10B	O94823	1461 aa		40.73	■■■■■ 4.11
PMS1-220	ENST00000618056	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		40.71	■■■■■ 4.11
PMS1-220	ENST00000618056	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	40.68	■■■■■ 4.1
PMS1-220	ENST00000618056	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		40.66	■■■■■ 4.1
PMS1-220	ENST00000618056	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	40.64	■■■■■ 4.1
PMS1-220	ENST00000618056	ARID3C	A6NKF2	412 aa		40.6	■■■■■ 4.09
PMS1-220	ENST00000618056	FMN1	Q68DA7	1419 aa		40.59	■■■■■ 4.09
PMS1-220	ENST00000618056	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		40.53	■■■■■ 4.08
PMS1-220	ENST00000618056	KCNH8	Q96L42	1107 aa		40.5	■■■■■ 4.07
PMS1-220	ENST00000618056	KDM6B	O15054	1643 aa		40.48	■■■■■ 4.07
PMS1-220	ENST00000618056	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	40.45	■■■■■ 4.07
PMS1-220	ENST00000618056	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	40.45	■■■■■ 4.07
PMS1-220	ENST00000618056	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		40.45	■■■■■ 4.07
PMS1-220	ENST00000618056	HECW1	Q76N89	1606 aa		40.44	■■■■■ 4.06
PMS1-220	ENST00000618056	CD109	Q6YHK3	1445 aa		40.4	■■■■■ 4.06
PMS1-220	ENST00000618056	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		40.39	■■■■■ 4.06
PMS1-220	ENST00000618056	CLIP1	P30622	1438 aa		40.39	■■■■■ 4.06
PMS1-220	ENST00000618056	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		40.38	■■■■■ 4.06
PMS1-220	ENST00000618056	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	40.33	■■■■■ 4.05
PMS1-220	ENST00000618056	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		40.32	■■■■■ 4.05
PMS1-220	ENST00000618056	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		40.26	■■■■■ 4.04
PMS1-220	ENST00000618056	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		40.25	■■■■■ 4.03
PMS1-220	ENST00000618056	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	40.25	■■■■■ 4.03
PMS1-220	ENST00000618056	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	40.24	■■■■■ 4.03
PMS1-220	ENST00000618056	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	40.2	■■■■■ 4.03
PMS1-220	ENST00000618056	CEP162	Q5TB80	1403 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PMS1-220	ENST00000618056	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		40.15	■■■■■ 4.02
PMS1-220	ENST00000618056	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	40.13	■■■■■ 4.02
PMS1-220	ENST00000618056	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	40.13	■■■■■ 4.01
PMS1-220	ENST00000618056	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		40.12	■■■■■ 4.01
PMS1-220	ENST00000618056	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PMS1-220	ENST00000618056	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PMS1-220	ENST00000618056	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		40.07	■■■■■ 4
PMS1-220	ENST00000618056	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		40.05	■■■■■ 4
PMS1-220	ENST00000618056	NEO1	Q92859	1461 aa		40.05	■■■■■ 4
PMS1-220	ENST00000618056	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	40.04	■■■■■ 4
PMS1-220	ENST00000618056	KIF14	Q15058	1648 aa		39.99	■■■■□ 3.99
PMS1-220	ENST00000618056	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		39.95	■■■■□ 3.99
PMS1-220	ENST00000618056	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		39.92	■■■■□ 3.98
PMS1-220	ENST00000618056	FANCA	O15360	1455 aa		39.9	■■■■□ 3.98
PMS1-220	ENST00000618056	PLCH2	O75038	1416 aa		39.89	■■■■□ 3.98
PMS1-220	ENST00000618056	AKNA	Q7Z591	1439 aa		39.84	■■■■□ 3.97
PMS1-220	ENST00000618056	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		39.77	■■■■□ 3.96
PMS1-220	ENST00000618056	RICTOR	Q6R327	1708 aa		39.75	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	RAPGEF3	O95398	923 aa		39.74	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	39.73	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		39.71	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		39.71	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		39.7	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	PREX2	Q70Z35	1606 aa		39.7	■■■■□ 3.95
PMS1-220	ENST00000618056	ADGRL1	O94910	1474 aa		39.68	■■■■□ 3.94
PMS1-220	ENST00000618056	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		39.68	■■■■□ 3.94

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