RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	CCER2	I3L3R5	266 aa		4.88	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		4.87	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		4.87	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		4.86	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	BCAN	Q96GW7	911 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VMP1-216	ENST00000592790	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	TRIM52	Q96A61	297 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	PIAS4	Q8N2W9	510 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	4.81	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		4.81	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		4.81	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	TOP2B	Q02880	1626 aa		4.81	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		4.8	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	PRDM2	Q13029	1718 aa		4.8	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	4.8	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		4.8	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		4.79	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	SYNJ1	O43426	1573 aa		4.79	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		4.79	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	FMN1	Q68DA7	1419 aa		4.79	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		4.79	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	MAP3K1	Q13233	1512 aa		4.79	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	CUX2	O14529	1486 aa		4.78	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	PRX	Q9BXM0	1461 aa		4.78	□□□□□ -1.64
VMP1-216	ENST00000592790	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		4.77	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	4.76	□□□□□ -1.65	6e-16	■■■■■ 30.3
VMP1-216	ENST00000592790	MRS2	Q9HD23	443 aa		4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	CUX1	P39880	1505 aa		4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	HMGXB3	Q12766	1538 aa		4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	ARAP1	Q96P48	1450 aa		4.75	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	PLCB2	Q00722	1185 aa		4.75	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		4.75	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		4.75	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	P3H3	Q8IVL6	736 aa		4.75	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		4.75	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	NCAPD3	P42695	1498 aa		4.74	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		4.74	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		4.74	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	TIAM1	Q13009	1591 aa		4.74	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		4.73	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		4.73	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	UBE2Q2	Q8WVN8	375 aa		4.73	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		4.73	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	TMC1	Q8TDI8	760 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	UACA	Q9BZF9	1416 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	ARX	Q96QS3	562 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		4.71	□□□□□ -1.65
VMP1-216	ENST00000592790	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CFTR	P13569	1480 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	4.71	□□□□□ -1.66	7e-21	■■■■□ 23.2
VMP1-216	ENST00000592790	FBLN2	P98095	1184 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	IGF1R	P08069	1367 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		4.69	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		4.69	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	HFM1	A2PYH4	1435 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	USP35	Q9P2H5	1018 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CUL7	Q14999	1698 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	PDE3B	Q13370	1112 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CFAP44	Q96MT7	982 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		4.67	□□□□□ -1.66

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