RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514305.5

USP53-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 53, human

TSL 2

Gene USP53, Length 504 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP53-208	ENST00000514305	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	34.51	■■■■□ 3.12
USP53-208	ENST00000514305	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		34.5	■■■■□ 3.11
USP53-208	ENST00000514305	CEP170	Q5SW79	1584 aa		34.45	■■■■□ 3.11
USP53-208	ENST00000514305	NUP160	Q12769	1436 aa		34.44	■■■■□ 3.1
USP53-208	ENST00000514305	SHROOM2	Q13796	1616 aa		34.31	■■■■□ 3.08
USP53-208	ENST00000514305	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		34.31	■■■■□ 3.08
USP53-208	ENST00000514305	KIF27	Q86VH2	1401 aa		34.14	■■■■□ 3.06
USP53-208	ENST00000514305	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		34.13	■■■■□ 3.05
USP53-208	ENST00000514305	CUL7	Q14999	1698 aa		34.11	■■■■□ 3.05
USP53-208	ENST00000514305	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	34.11	■■■■□ 3.05
USP53-208	ENST00000514305	JPH4	Q96JJ6	628 aa		34.08	■■■■□ 3.05
USP53-208	ENST00000514305	IGF1R	P08069	1367 aa		34.04	■■■■□ 3.04
USP53-208	ENST00000514305	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		33.94	■■■■□ 3.02
USP53-208	ENST00000514305	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		33.85	■■■■□ 3.01
USP53-208	ENST00000514305	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		33.77	■■■■□ 3
USP53-208	ENST00000514305	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	33.75	■■■□□ 2.99
USP53-208	ENST00000514305	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		33.72	■■■□□ 2.99
USP53-208	ENST00000514305	IQGAP2	Q13576	1575 aa		33.68	■■■□□ 2.98
USP53-208	ENST00000514305	MAPKBP1	O60336	1514 aa		33.66	■■■□□ 2.98
USP53-208	ENST00000514305	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		33.64	■■■□□ 2.98
USP53-208	ENST00000514305	PTPRG	P23470	1445 aa		33.6	■■■□□ 2.97
USP53-208	ENST00000514305	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		33.59	■■■□□ 2.97
USP53-208	ENST00000514305	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		33.59	■■■□□ 2.97
USP53-208	ENST00000514305	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP53-208	ENST00000514305	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP53-208	ENST00000514305	DIP2B	Q9P265	1576 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP53-208	ENST00000514305	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	33.53	■■■□□ 2.96
USP53-208	ENST00000514305	POTED	Q86YR6	584 aa		33.52	■■■□□ 2.96
USP53-208	ENST00000514305	DISP1	Q96F81	1524 aa		33.44	■■■□□ 2.94
USP53-208	ENST00000514305	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		33.43	■■■□□ 2.94
USP53-208	ENST00000514305	ABCC2	Q92887	1545 aa		33.42	■■■□□ 2.94
USP53-208	ENST00000514305	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		33.42	■■■□□ 2.94
USP53-208	ENST00000514305	TSPOAP1	O95153	1857 aa		33.37	■■■□□ 2.93
USP53-208	ENST00000514305	EEA1	Q15075	1411 aa		33.36	■■■□□ 2.93
USP53-208	ENST00000514305	KIAA0556	O60303	1618 aa		33.36	■■■□□ 2.93
USP53-208	ENST00000514305	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		33.36	■■■□□ 2.93
USP53-208	ENST00000514305	UACA	Q9BZF9	1416 aa		33.35	■■■□□ 2.93
USP53-208	ENST00000514305	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		33.28	■■■□□ 2.92
USP53-208	ENST00000514305	ASXL2	Q76L83	1435 aa		33.28	■■■□□ 2.92
USP53-208	ENST00000514305	KDM6B	O15054	1643 aa		33.25	■■■□□ 2.91
USP53-208	ENST00000514305	PRX	Q9BXM0	1461 aa		33.25	■■■□□ 2.91
USP53-208	ENST00000514305	GOLGA3	Q08378	1498 aa		33.22	■■■□□ 2.91
USP53-208	ENST00000514305	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		33.2	■■■□□ 2.91
USP53-208	ENST00000514305	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		33.2	■■■□□ 2.91
USP53-208	ENST00000514305	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	33.19	■■■□□ 2.9
USP53-208	ENST00000514305	GLI2	P10070	1586 aa		33.18	■■■□□ 2.9
USP53-208	ENST00000514305	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	33.12	■■■□□ 2.89
USP53-208	ENST00000514305	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
USP53-208	ENST00000514305	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.89
USP53-208	ENST00000514305	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		33.03	■■■□□ 2.88
USP53-208	ENST00000514305	ABCA8	O94911	1581 aa		33.01	■■■□□ 2.88
USP53-208	ENST00000514305	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		32.99	■■■□□ 2.87
USP53-208	ENST00000514305	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		32.95	■■■□□ 2.87
USP53-208	ENST00000514305	SAMD9	Q5K651	1589 aa		32.87	■■■□□ 2.85
USP53-208	ENST00000514305	P3H3	Q8IVL6	736 aa		32.86	■■■□□ 2.85
USP53-208	ENST00000514305	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		32.85	■■■□□ 2.85
USP53-208	ENST00000514305	KIF21B	O75037	1637 aa		32.8	■■■□□ 2.84
USP53-208	ENST00000514305	KCNH8	Q96L42	1107 aa		32.8	■■■□□ 2.84
USP53-208	ENST00000514305	CD109	Q6YHK3	1445 aa		32.77	■■■□□ 2.84
USP53-208	ENST00000514305	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	32.76	■■■□□ 2.84
USP53-208	ENST00000514305	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		32.74	■■■□□ 2.83
USP53-208	ENST00000514305	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		32.73	■■■□□ 2.83
USP53-208	ENST00000514305	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		32.73	■■■□□ 2.83
USP53-208	ENST00000514305	ARID3C	A6NKF2	412 aa		32.72	■■■□□ 2.83
USP53-208	ENST00000514305	ATP10B	O94823	1461 aa		32.72	■■■□□ 2.83
USP53-208	ENST00000514305	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	32.69	■■■□□ 2.82
USP53-208	ENST00000514305	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	32.69	■■■□□ 2.82
USP53-208	ENST00000514305	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		32.61	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	32.6	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		32.6	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		32.59	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	ADGRL1	O94910	1474 aa		32.59	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		32.59	■■■□□ 2.81
USP53-208	ENST00000514305	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	32.55	■■■□□ 2.8
USP53-208	ENST00000514305	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		32.47	■■■□□ 2.79
USP53-208	ENST00000514305	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		32.45	■■■□□ 2.78
USP53-208	ENST00000514305	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		32.4	■■■□□ 2.78
USP53-208	ENST00000514305	NEO1	Q92859	1461 aa		32.39	■■■□□ 2.78
USP53-208	ENST00000514305	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		32.35	■■■□□ 2.77
USP53-208	ENST00000514305	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
USP53-208	ENST00000514305	FMN1	Q68DA7	1419 aa		32.29	■■■□□ 2.76
USP53-208	ENST00000514305	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		32.28	■■■□□ 2.76
USP53-208	ENST00000514305	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	32.27	■■■□□ 2.76
USP53-208	ENST00000514305	HECW1	Q76N89	1606 aa		32.26	■■■□□ 2.76
USP53-208	ENST00000514305	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	32.26	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		32.25	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	RAPGEF3	O95398	923 aa		32.25	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		32.23	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	32.22	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		32.21	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	FANCA	O15360	1455 aa		32.2	■■■□□ 2.75
USP53-208	ENST00000514305	AKNA	Q7Z591	1439 aa		32.16	■■■□□ 2.74
USP53-208	ENST00000514305	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	32.16	■■■□□ 2.74
USP53-208	ENST00000514305	RICTOR	Q6R327	1708 aa		32.15	■■■□□ 2.74
USP53-208	ENST00000514305	CLIP1	P30622	1438 aa		32.15	■■■□□ 2.74
USP53-208	ENST00000514305	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	32.12	■■■□□ 2.73
USP53-208	ENST00000514305	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.11	■■■□□ 2.73
USP53-208	ENST00000514305	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	32.1	■■■□□ 2.73
USP53-208	ENST00000514305	CEP162	Q5TB80	1403 aa		32.09	■■■□□ 2.73

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