RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000382723.4

MSX1-201, Transcript of msh homeobox 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene MSX1, Length 1,939 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1-201ENST00000382723 GRIN2AQ12879 1464 aa42.48■■■■■ 4.39
MSX1-201ENST00000382723 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa42.48■■■■■ 4.39
MSX1-201ENST00000382723 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa42.36■■■■■ 4.37
MSX1-201ENST00000382723 ARAP1Q96P48 1450 aa42.29■■■■■ 4.36
MSX1-201ENST00000382723 IQGAP2Q13576 1575 aa42.23■■■■■ 4.35
MSX1-201ENST00000382723 CEP170Q5SW79 1584 aa42.22■■■■■ 4.35
MSX1-201ENST00000382723 P3H3Q8IVL6 736 aa42.22■■■■■ 4.35
MSX1-201ENST00000382723 VPS8Q8N3P4 1428 aa42.22■■■■■ 4.35
MSX1-201ENST00000382723 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa42.21■■■■■ 4.35
MSX1-201ENST00000382723 NUP160Q12769 1436 aa42.17■■■■■ 4.34
MSX1-201ENST00000382723 EFCAB5A4FU69 1503 aa42.15■■■■■ 4.34
MSX1-201ENST00000382723 CHD1O14646 1710 aa42.14■■■■■ 4.34
MSX1-201ENST00000382723 FHOD3Q2V2M9 1422 aa42.08■■■■■ 4.33
MSX1-201ENST00000382723 SAMD9Q5K651 1589 aa42.05■■■■■ 4.32
MSX1-201ENST00000382723 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP42.01■■■■■ 4.32
MSX1-201ENST00000382723 UGGT2Q9NYU1 1516 aa42.01■■■■■ 4.32
MSX1-201ENST00000382723 JPH4Q96JJ6 628 aa41.91■■■■■ 4.3
MSX1-201ENST00000382723 APLP2Q06481 763 aa41.87■■■■■ 4.29
MSX1-201ENST00000382723 DISP1Q96F81 1524 aa41.85■■■■■ 4.29
MSX1-201ENST00000382723 FMN1Q68DA7 1419 aa41.82■■■■■ 4.29
MSX1-201ENST00000382723 KIAA0556O60303 1618 aa41.8■■■■■ 4.28
MSX1-201ENST00000382723 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP41.78■■■■■ 4.28
MSX1-201ENST00000382723 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP41.75■■■■■ 4.27
MSX1-201ENST00000382723 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP41.75■■■■■ 4.27
MSX1-201ENST00000382723 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa41.72■■■■■ 4.27
MSX1-201ENST00000382723 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa41.68■■■■■ 4.26
MSX1-201ENST00000382723 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP41.67■■■■■ 4.26
MSX1-201ENST00000382723 CLASP1Q7Z460 1538 aa41.66■■■■■ 4.26
MSX1-201ENST00000382723 FYCO1Q9BQS8 1478 aa41.65■■■■■ 4.26
MSX1-201ENST00000382723 SHROOM2Q13796 1616 aa41.6■■■■■ 4.25
MSX1-201ENST00000382723 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP41.57■■■■■ 4.24
MSX1-201ENST00000382723 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP41.54■■■■■ 4.24
MSX1-201ENST00000382723 OSCARQ8IYS5 282 aa41.53■■■■■ 4.24
MSX1-201ENST00000382723 PCGF6Q9BYE7 350 aa41.52■■■■■ 4.24
MSX1-201ENST00000382723 TIAM1Q13009 1591 aa41.5■■■■■ 4.23
MSX1-201ENST00000382723 MAP3K1Q13233 1512 aa41.47■■■■■ 4.23
MSX1-201ENST00000382723 ERCC6L2Q5T890 1561 aa41.43■■■■■ 4.22
MSX1-201ENST00000382723 HECW1Q76N89 1606 aa41.4■■■■■ 4.22
MSX1-201ENST00000382723 CFAP43Q8NDM7 1665 aa41.39■■■■■ 4.22
MSX1-201ENST00000382723 PTPRGP23470 1445 aa41.37■■■■■ 4.21
MSX1-201ENST00000382723 PLB1Q6P1J6 1458 aa41.36■■■■■ 4.21
MSX1-201ENST00000382723 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa41.35■■■■■ 4.21
MSX1-201ENST00000382723 ARID3CA6NKF2 412 aa41.35■■■■■ 4.21
MSX1-201ENST00000382723 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa41.35■■■■■ 4.21
MSX1-201ENST00000382723 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa41.33■■■■■ 4.21
MSX1-201ENST00000382723 CCDC18Q5T9S5 1454 aa41.29■■■■■ 4.2
MSX1-201ENST00000382723 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP41.29■■■■■ 4.2
MSX1-201ENST00000382723 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP41.27■■■■■ 4.2
MSX1-201ENST00000382723 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP41.24■■■■■ 4.19
MSX1-201ENST00000382723 ABCA8O94911 1581 aa41.22■■■■■ 4.19
MSX1-201ENST00000382723 MTUS2Q5JR59 1369 aa41.18■■■■■ 4.18
MSX1-201ENST00000382723 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP41.16■■■■■ 4.18
MSX1-201ENST00000382723 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP41.16■■■■■ 4.18
MSX1-201ENST00000382723 UACAQ9BZF9 1416 aa41.1■■■■■ 4.17
MSX1-201ENST00000382723 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa41.08■■■■■ 4.17
MSX1-201ENST00000382723 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa41.04■■■■■ 4.16
MSX1-201ENST00000382723 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP40.99■■■■■ 4.15
MSX1-201ENST00000382723 ATP10BO94823 1461 aa40.98■■■■■ 4.15
MSX1-201ENST00000382723 PHLDB1Q86UU1 1377 aa40.98■■■■■ 4.15
MSX1-201ENST00000382723 ABCC2Q92887 1545 aa40.96■■■■■ 4.15
MSX1-201ENST00000382723 NCOA2Q15596 1464 aa40.91■■■■■ 4.14
MSX1-201ENST00000382723 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP40.9■■■■■ 4.14
MSX1-201ENST00000382723 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP40.87■■■■■ 4.13
MSX1-201ENST00000382723 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa40.85■■■■■ 4.13
MSX1-201ENST00000382723 PLEKHD1A6NEE1 506 aa40.83■■■■■ 4.13
MSX1-201ENST00000382723 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP40.83■■■■■ 4.13
MSX1-201ENST00000382723 CCNB3Q8WWL7 1395 aa40.82■■■■■ 4.12
MSX1-201ENST00000382723 ARHGEF11O15085 1522 aa40.8■■■■■ 4.12
MSX1-201ENST00000382723 ADCY10Q96PN6 1610 aa40.73■■■■■ 4.11
MSX1-201ENST00000382723 MYOM3Q5VTT5 1437 aa40.71■■■■■ 4.11
MSX1-201ENST00000382723 KDM5BQ9UGL1 1544 aa40.7■■■■■ 4.11
MSX1-201ENST00000382723 FGD6Q6ZV73 1430 aa40.68■■■■■ 4.1
MSX1-201ENST00000382723 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP40.68■■■■■ 4.1
MSX1-201ENST00000382723 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP40.67■■■■■ 4.1
MSX1-201ENST00000382723 KIF14Q15058 1648 aa40.65■■■■■ 4.1
MSX1-201ENST00000382723 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.6■■■■■ 4.09
MSX1-201ENST00000382723 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.6■■■■■ 4.09
MSX1-201ENST00000382723 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.6■■■■■ 4.09
MSX1-201ENST00000382723 ITGAEP38570 1179 aa40.59■■■■■ 4.09
MSX1-201ENST00000382723 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.52■■■■■ 4.08
MSX1-201ENST00000382723 KCNH8Q96L42 1107 aa40.49■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP40.48■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 MIA2Q96PC5 1412 aa40.48■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP40.48■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 ABCC10Q5T3U5 1492 aa40.48■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 PTPN23Q9H3S7 1636 aa40.47■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP40.45■■■■■ 4.07
MSX1-201ENST00000382723 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP40.41■■■■■ 4.06
MSX1-201ENST00000382723 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP40.39■■■■■ 4.06
MSX1-201ENST00000382723 ITSN2Q9NZM3 1697 aa40.38■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 WDR7Q9Y4E6 1490 aa40.37■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 ASXL2Q76L83 1435 aa40.35■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP40.35■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP40.34■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP40.32■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 TTC37Q6PGP7 1564 aa40.32■■■■■ 4.05
MSX1-201ENST00000382723 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa40.31■■■■■ 4.04
MSX1-201ENST00000382723 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa40.24■■■■■ 4.03
MSX1-201ENST00000382723 PTPRKQ15262 1439 aa40.22■■■■■ 4.03
MSX1-201ENST00000382723 PREX2Q70Z35 1606 aa40.19■■■■■ 4.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.2 ms