RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000249499.7

HOXD9-201, Transcript of homeobox D9, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD9, Length 1,870 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9-201ENST00000249499 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.83■■■■□ 3.17
HOXD9-201ENST00000249499 IFT140Q96RY7 1462 aa34.77■■■■□ 3.16
HOXD9-201ENST00000249499 PBRM1Q86U86 1689 aa34.73■■■■□ 3.15
HOXD9-201ENST00000249499 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP34.73■■■■□ 3.15
HOXD9-201ENST00000249499 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP34.69■■■■□ 3.14
HOXD9-201ENST00000249499 TIAM1Q13009 1591 aa34.68■■■■□ 3.14
HOXD9-201ENST00000249499 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP34.67■■■■□ 3.14
HOXD9-201ENST00000249499 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP34.67■■■■□ 3.14
HOXD9-201ENST00000249499 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP34.66■■■■□ 3.14
HOXD9-201ENST00000249499 GRIN2BQ13224 1484 aa34.64■■■■□ 3.14
HOXD9-201ENST00000249499 ADAMTS12P58397 1594 aa34.61■■■■□ 3.13
HOXD9-201ENST00000249499 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP34.61■■■■□ 3.13
HOXD9-201ENST00000249499 SAMD9Q5K651 1589 aa34.6■■■■□ 3.13
HOXD9-201ENST00000249499 FYCO1Q9BQS8 1478 aa34.6■■■■□ 3.13
HOXD9-201ENST00000249499 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP34.59■■■■□ 3.13
HOXD9-201ENST00000249499 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP34.58■■■■□ 3.13
HOXD9-201ENST00000249499 CFAP43Q8NDM7 1665 aa34.57■■■■□ 3.12
HOXD9-201ENST00000249499 FMN1Q68DA7 1419 aa34.56■■■■□ 3.12
HOXD9-201ENST00000249499 FHOD3Q2V2M9 1422 aa34.56■■■■□ 3.12
HOXD9-201ENST00000249499 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa34.56■■■■□ 3.12
HOXD9-201ENST00000249499 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa34.52■■■■□ 3.12
HOXD9-201ENST00000249499 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP34.46■■■■□ 3.11
HOXD9-201ENST00000249499 P3H3Q8IVL6 736 aa34.44■■■■□ 3.1
HOXD9-201ENST00000249499 CCNB3Q8WWL7 1395 aa34.41■■■■□ 3.1
HOXD9-201ENST00000249499 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa34.4■■■■□ 3.1
HOXD9-201ENST00000249499 IQGAP2Q13576 1575 aa34.39■■■■□ 3.1
HOXD9-201ENST00000249499 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP34.29■■■■□ 3.08
HOXD9-201ENST00000249499 UGGT2Q9NYU1 1516 aa34.27■■■■□ 3.08
HOXD9-201ENST00000249499 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa34.23■■■■□ 3.07
HOXD9-201ENST00000249499 GRIN2AQ12879 1464 aa34.22■■■■□ 3.07
HOXD9-201ENST00000249499 PHLDB1Q86UU1 1377 aa34.19■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP34.18■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 CLSPNQ9HAW4 1339 aa34.16■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 CHD1O14646 1710 aa34.15■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 SYNJ2O15056 1496 aa34.15■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP34.14■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 CCDC18Q5T9S5 1454 aa34.14■■■■□ 3.06
HOXD9-201ENST00000249499 HECW1Q76N89 1606 aa34.1■■■■□ 3.05
HOXD9-201ENST00000249499 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa34.1■■■■□ 3.05
HOXD9-201ENST00000249499 MTUS2Q5JR59 1369 aa34.06■■■■□ 3.04
HOXD9-201ENST00000249499 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa34.06■■■■□ 3.04
HOXD9-201ENST00000249499 KIAA0556O60303 1618 aa34.03■■■■□ 3.04
HOXD9-201ENST00000249499 FBLN2P98095 1184 aa34.03■■■■□ 3.04
HOXD9-201ENST00000249499 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa34.01■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP34■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 DISP1Q96F81 1524 aa34■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP33.97■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 OSCARQ8IYS5 282 aa33.97■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP33.97■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 NUP160Q12769 1436 aa33.96■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 FGD6Q6ZV73 1430 aa33.95■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 CEP170Q5SW79 1584 aa33.95■■■■□ 3.03
HOXD9-201ENST00000249499 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP33.93■■■■□ 3.02
HOXD9-201ENST00000249499 NCOA2Q15596 1464 aa33.92■■■■□ 3.02
HOXD9-201ENST00000249499 ARHGEF11O15085 1522 aa33.92■■■■□ 3.02
HOXD9-201ENST00000249499 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP33.87■■■■□ 3.01
HOXD9-201ENST00000249499 MYOM3Q5VTT5 1437 aa33.87■■■■□ 3.01
HOXD9-201ENST00000249499 SETD5Q9C0A6 1442 aa33.87■■■■□ 3.01
HOXD9-201ENST00000249499 ITGAEP38570 1179 aa33.84■■■■□ 3.01
HOXD9-201ENST00000249499 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa33.84■■■■□ 3.01
HOXD9-201ENST00000249499 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa33.83■■■■□ 3.01
HOXD9-201ENST00000249499 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa33.78■■■■□ 3
HOXD9-201ENST00000249499 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa33.77■■■■□ 3
HOXD9-201ENST00000249499 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP33.74■■■□□ 2.99
HOXD9-201ENST00000249499 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP33.72■■■□□ 2.99
HOXD9-201ENST00000249499 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP33.7■■■□□ 2.99
HOXD9-201ENST00000249499 CLASP1Q7Z460 1538 aa33.7■■■□□ 2.99
HOXD9-201ENST00000249499 PTPN23Q9H3S7 1636 aa33.68■■■□□ 2.98
HOXD9-201ENST00000249499 JPH4Q96JJ6 628 aa33.68■■■□□ 2.98
HOXD9-201ENST00000249499 MIA2Q96PC5 1412 aa33.68■■■□□ 2.98
HOXD9-201ENST00000249499 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP33.63■■■□□ 2.97
HOXD9-201ENST00000249499 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP33.61■■■□□ 2.97
HOXD9-201ENST00000249499 HFM1A2PYH4 1435 aa33.6■■■□□ 2.97
HOXD9-201ENST00000249499 MAPKBP1O60336 1514 aa33.58■■■□□ 2.97
HOXD9-201ENST00000249499 PTPRKQ15262 1439 aa33.54■■■□□ 2.96
HOXD9-201ENST00000249499 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.51■■■□□ 2.96
HOXD9-201ENST00000249499 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.51■■■□□ 2.96
HOXD9-201ENST00000249499 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.51■■■□□ 2.96
HOXD9-201ENST00000249499 PLB1Q6P1J6 1458 aa33.51■■■□□ 2.95
HOXD9-201ENST00000249499 AKNAQ7Z591 1439 aa33.5■■■□□ 2.95
HOXD9-201ENST00000249499 ABCA8O94911 1581 aa33.5■■■□□ 2.95
HOXD9-201ENST00000249499 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP33.49■■■□□ 2.95
HOXD9-201ENST00000249499 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP33.48■■■□□ 2.95
HOXD9-201ENST00000249499 ADCY10Q96PN6 1610 aa33.45■■■□□ 2.94
HOXD9-201ENST00000249499 NAIPQ13075 1403 aa33.44■■■□□ 2.94
HOXD9-201ENST00000249499 SHROOM2Q13796 1616 aa33.42■■■□□ 2.94
HOXD9-201ENST00000249499 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP33.4■■■□□ 2.94
HOXD9-201ENST00000249499 UACAQ9BZF9 1416 aa33.39■■■□□ 2.94
HOXD9-201ENST00000249499 ARID3CA6NKF2 412 aa33.39■■■□□ 2.94
HOXD9-201ENST00000249499 GCC2Q8IWJ2 1684 aa33.38■■■□□ 2.93
HOXD9-201ENST00000249499 ERCC6L2Q5T890 1561 aa33.36■■■□□ 2.93
HOXD9-201ENST00000249499 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa33.36■■■□□ 2.93
HOXD9-201ENST00000249499 ITSN2Q9NZM3 1697 aa33.35■■■□□ 2.93
HOXD9-201ENST00000249499 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP33.32■■■□□ 2.92
HOXD9-201ENST00000249499 PTPRGP23470 1445 aa33.3■■■□□ 2.92
HOXD9-201ENST00000249499 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP33.3■■■□□ 2.92
HOXD9-201ENST00000249499 ROCK1Q13464 1354 aa33.29■■■□□ 2.92
HOXD9-201ENST00000249499 ATP10BO94823 1461 aa33.28■■■□□ 2.92
HOXD9-201ENST00000249499 DAPK1P53355 1430 aa33.26■■■□□ 2.91
HOXD9-201ENST00000249499 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP33.23■■■□□ 2.91
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 77.1 ms