Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.45■■■□□ 2.47
BRPF3Q9ULD4 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
BRPF3Q9ULD4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
BRPF3Q9ULD4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.28■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC30.26■■■□□ 2.44
BRPF3Q9ULD4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC30.26■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC30.22■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC30.21■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
BRPF3Q9ULD4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms