Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125.5 ms