Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC39Q9UFE4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC39Q9UFE4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC39Q9UFE4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC39Q9UFE4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.7 ms