Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
KLHDC3Q9BQ90 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
KLHDC3Q9BQ90 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
KLHDC3Q9BQ90 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHDC3Q9BQ90 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms