Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4CQ96CF2 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4CQ96CF2 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4CQ96CF2 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP4CQ96CF2 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP4CQ96CF2 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP4CQ96CF2 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms