Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG3P49916 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG3P49916 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG3P49916 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG3P49916 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG3P49916 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG3P49916 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG3P49916 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG3P49916 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG3P49916 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG3P49916 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG3P49916 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG3P49916 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG3P49916 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG3P49916 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG3P49916 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG3P49916 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG3P49916 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG3P49916 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG3P49916 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG3P49916 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG3P49916 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG3P49916 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG3P49916 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG3P49916 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG3P49916 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG3P49916 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG3P49916 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIG3P49916 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG3P49916 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG3P49916 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG3P49916 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG3P49916 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG3P49916 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG3P49916 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG3P49916 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIG3P49916 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIG3P49916 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG3P49916 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG3P49916 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG3P49916 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG3P49916 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG3P49916 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG3P49916 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG3P49916 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG3P49916 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG3P49916 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG3P49916 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG3P49916 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG3P49916 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG3P49916 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG3P49916 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG3P49916 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG3P49916 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG3P49916 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG3P49916 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG3P49916 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG3P49916 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG3P49916 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG3P49916 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG3P49916 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG3P49916 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG3P49916 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG3P49916 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG3P49916 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG3P49916 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG3P49916 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG3P49916 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG3P49916 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIG3P49916 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG3P49916 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG3P49916 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIG3P49916 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.1 ms