Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
PTPN4P29074 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN4P29074 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PTPN4P29074 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 172.3 ms