Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CCDC3Q9BQI4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC3Q9BQI4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC3Q9BQI4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms