Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL28A1Q2UY09 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL28A1Q2UY09 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL28A1Q2UY09 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL28A1Q2UY09 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL28A1Q2UY09 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL28A1Q2UY09 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms