Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC32.29■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
BRCA1P38398 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC32.21■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
BRCA1P38398 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC32.2■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC32.18■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC32.16■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC32.16■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC32.16■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
BRCA1P38398 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC32.13■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC32.09■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
BRCA1P38398 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
BRCA1P38398 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC32■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC32■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC31.98■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
BRCA1P38398 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 168.8 ms