Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VIMP08670 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VIMP08670 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VIMP08670 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VIMP08670 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VIMP08670 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VIMP08670 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VIMP08670 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
VIMP08670 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VIMP08670 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VIMP08670 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VIMP08670 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VIMP08670 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VIMP08670 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VIMP08670 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VIMP08670 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VIMP08670 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VIMP08670 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VIMP08670 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VIMP08670 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
VIMP08670 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VIMP08670 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VIMP08670 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VIMP08670 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
VIMP08670 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VIMP08670 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VIMP08670 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VIMP08670 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VIMP08670 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VIMP08670 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VIMP08670 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VIMP08670 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
VIMP08670 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VIMP08670 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VIMP08670 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VIMP08670 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VIMP08670 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VIMP08670 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VIMP08670 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VIMP08670 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VIMP08670 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VIMP08670 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VIMP08670 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VIMP08670 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VIMP08670 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VIMP08670 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VIMP08670 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VIMP08670 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VIMP08670 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VIMP08670 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VIMP08670 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VIMP08670 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VIMP08670 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VIMP08670 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VIMP08670 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VIMP08670 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VIMP08670 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VIMP08670 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VIMP08670 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VIMP08670 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VIMP08670 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VIMP08670 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VIMP08670 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VIMP08670 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VIMP08670 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VIMP08670 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VIMP08670 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VIMP08670 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
VIMP08670 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VIMP08670 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VIMP08670 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VIMP08670 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VIMP08670 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VIMP08670 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VIMP08670 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VIMP08670 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VIMP08670 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VIMP08670 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VIMP08670 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VIMP08670 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VIMP08670 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VIMP08670 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VIMP08670 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VIMP08670 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VIMP08670 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VIMP08670 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VIMP08670 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms