Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms