Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC54Q8NEL0 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC54Q8NEL0 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC54Q8NEL0 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC54Q8NEL0 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms