Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
BEST3Q8N1M1 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
BEST3Q8N1M1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BEST3Q8N1M1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
BEST3Q8N1M1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
BEST3Q8N1M1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms