Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCDH1Q08174 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
PCDH1Q08174 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PCDH1Q08174 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PCDH1Q08174 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms