Protein–RNA interactions for Protein: O00635

TRIM38, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM38, humanhuman

Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM38O00635 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM38O00635 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM38O00635 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM38O00635 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM38O00635 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms