Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SMCO3A2RU48 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMCO3A2RU48 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms