Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC61Q9Y6R9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC61Q9Y6R9 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC61Q9Y6R9 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC61Q9Y6R9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC36.7■■■■□ 3.47
CCDC61Q9Y6R9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC36.69■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
CCDC61Q9Y6R9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CCDC61Q9Y6R9 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC61Q9Y6R9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC61Q9Y6R9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC61Q9Y6R9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC61Q9Y6R9 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC61Q9Y6R9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC61Q9Y6R9 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms