Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC31.44■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC31.39■■■□□ 2.62
BRPF3Q9ULD4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
BRPF3Q9ULD4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC31.26■■■□□ 2.6
BRPF3Q9ULD4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
BRPF3Q9ULD4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.19■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms