Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIMA1Q9UHB6 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIMA1Q9UHB6 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMA1Q9UHB6 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMA1Q9UHB6 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIMA1Q9UHB6 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
LIMA1Q9UHB6 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIMA1Q9UHB6 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIMA1Q9UHB6 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMA1Q9UHB6 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIMA1Q9UHB6 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms