Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VMP1Q96GC9 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
VMP1Q96GC9 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VMP1Q96GC9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VMP1Q96GC9 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms