Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00643Q86TS7 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00643Q86TS7 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LINC00643Q86TS7 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00643Q86TS7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LINC00643Q86TS7 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.26
LINC00643Q86TS7 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LINC00643Q86TS7 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LINC00643Q86TS7 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LINC00643Q86TS7 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms