Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP39Q53GS9 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP39Q53GS9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP39Q53GS9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP39Q53GS9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP39Q53GS9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms