Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXD3P31249 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD3P31249 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXD3P31249 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms