Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
LIG1P18858 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
LIG1P18858 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
LIG1P18858 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
LIG1P18858 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
LIG1P18858 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
LIG1P18858 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
LIG1P18858 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
LIG1P18858 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
LIG1P18858 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
LIG1P18858 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
LIG1P18858 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
LIG1P18858 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
LIG1P18858 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
LIG1P18858 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
LIG1P18858 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
LIG1P18858 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
LIG1P18858 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
LIG1P18858 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
LIG1P18858 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
LIG1P18858 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
LIG1P18858 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
LIG1P18858 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
LIG1P18858 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
LIG1P18858 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
LIG1P18858 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
LIG1P18858 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
LIG1P18858 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
LIG1P18858 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
LIG1P18858 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
LIG1P18858 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
LIG1P18858 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
LIG1P18858 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
LIG1P18858 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
LIG1P18858 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
LIG1P18858 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
LIG1P18858 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
LIG1P18858 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
LIG1P18858 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
LIG1P18858 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
LIG1P18858 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
LIG1P18858 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
LIG1P18858 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
LIG1P18858 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
LIG1P18858 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIG1P18858 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIG1P18858 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
LIG1P18858 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
LIG1P18858 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
LIG1P18858 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
LIG1P18858 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
LIG1P18858 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
LIG1P18858 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
LIG1P18858 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
LIG1P18858 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
LIG1P18858 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
LIG1P18858 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
LIG1P18858 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
LIG1P18858 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG1P18858 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG1P18858 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG1P18858 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG1P18858 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG1P18858 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG1P18858 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
LIG1P18858 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
LIG1P18858 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
LIG1P18858 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
LIG1P18858 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.37
LIG1P18858 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
LIG1P18858 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
LIG1P18858 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
LIG1P18858 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
LIG1P18858 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
LIG1P18858 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
LIG1P18858 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIG1P18858 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIG1P18858 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIG1P18858 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIG1P18858 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
LIG1P18858 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIG1P18858 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIG1P18858 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIG1P18858 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIG1P18858 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIG1P18858 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIG1P18858 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIG1P18858 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIG1P18858 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIG1P18858 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIG1P18858 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIG1P18858 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
LIG1P18858 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
LIG1P18858 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.77■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms