Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM49D1C9J1S8 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM49D1C9J1S8 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM49D1C9J1S8 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM49D1C9J1S8 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRIM49D1C9J1S8 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM49D1C9J1S8 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM49D1C9J1S8 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM49D1C9J1S8 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms