Protein–RNA interactions for Protein: Q99626

CDX2, Homeobox protein CDX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 313 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDX2Q99626 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CDX2Q99626 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CDX2Q99626 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CDX2Q99626 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CDX2Q99626 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CDX2Q99626 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CDX2Q99626 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CDX2Q99626 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CDX2Q99626 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CDX2Q99626 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CDX2Q99626 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CDX2Q99626 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CDX2Q99626 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CDX2Q99626 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CDX2Q99626 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CDX2Q99626 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CDX2Q99626 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CDX2Q99626 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CDX2Q99626 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms