Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
USP54Q70EL1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC36.48■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC36.48■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC36.46■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC36.45■■■■□ 3.43
USP54Q70EL1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC36.45■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC36.43■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC36.42■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
USP54Q70EL1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC36.37■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
USP54Q70EL1 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC36.3■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC36.28■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
USP54Q70EL1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC36.25■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC36.22■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
USP54Q70EL1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC36.18■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC36.16■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC36.14■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC36.14■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC36.14■■■■□ 3.38
USP54Q70EL1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC36.1■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC36.1■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC36.1■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
USP54Q70EL1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC36.07■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC36.06■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
USP54Q70EL1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms