Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88AQ3V6T2 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88AQ3V6T2 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88AQ3V6T2 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88AQ3V6T2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88AQ3V6T2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88AQ3V6T2 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88AQ3V6T2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CCDC88AQ3V6T2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88AQ3V6T2 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC88AQ3V6T2 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC88AQ3V6T2 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC88AQ3V6T2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC88AQ3V6T2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
CCDC88AQ3V6T2 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC32.95■■■□□ 2.86
CCDC88AQ3V6T2 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC88AQ3V6T2 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC88AQ3V6T2 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
CCDC88AQ3V6T2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.3 ms