Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC3O75056 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC3O75056 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC3O75056 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC3O75056 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC3O75056 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC3O75056 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC3O75056 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SDC3O75056 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC3O75056 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC3O75056 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC3O75056 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC3O75056 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC3O75056 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SDC3O75056 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SDC3O75056 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SDC3O75056 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC3O75056 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC3O75056 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC3O75056 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC3O75056 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SDC3O75056 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SDC3O75056 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SDC3O75056 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SDC3O75056 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SDC3O75056 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SDC3O75056 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC3O75056 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC3O75056 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC3O75056 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SDC3O75056 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SDC3O75056 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SDC3O75056 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SDC3O75056 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SDC3O75056 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC3O75056 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC3O75056 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SDC3O75056 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SDC3O75056 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SDC3O75056 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SDC3O75056 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC3O75056 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC3O75056 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC3O75056 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SDC3O75056 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SDC3O75056 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SDC3O75056 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC3O75056 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC3O75056 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC3O75056 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SDC3O75056 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SDC3O75056 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SDC3O75056 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SDC3O75056 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SDC3O75056 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SDC3O75056 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SDC3O75056 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SDC3O75056 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SDC3O75056 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SDC3O75056 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SDC3O75056 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SDC3O75056 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SDC3O75056 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SDC3O75056 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SDC3O75056 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SDC3O75056 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SDC3O75056 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SDC3O75056 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SDC3O75056 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
SDC3O75056 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SDC3O75056 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.76
SDC3O75056 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SDC3O75056 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SDC3O75056 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SDC3O75056 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SDC3O75056 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SDC3O75056 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SDC3O75056 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SDC3O75056 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SDC3O75056 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
SDC3O75056 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SDC3O75056 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SDC3O75056 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SDC3O75056 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SDC3O75056 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SDC3O75056 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SDC3O75056 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SDC3O75056 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SDC3O75056 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SDC3O75056 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SDC3O75056 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SDC3O75056 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SDC3O75056 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SDC3O75056 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.3 ms