Protein–RNA interactions for Protein: A6NIU2

LINC01549, Putative uncharacterized protein encoded by LINC01549, humanhuman

Predictions only

Length 74 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC01549A6NIU2 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LINC01549A6NIU2 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
LINC01549A6NIU2 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC15□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms